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ChIP实验中如何选择染色质片段化方法?

我们常使用染色质免疫沉淀(ChIP)来鉴定/发现蛋白质和DNA的相互作用。ChIP实验流程复杂,其中,染色质的片段化在一定程度上决定了ChIP实验的成功与否。一般我们通过超声处理或酶消化来实现染色质的片段化,但到底选择哪种方式会受到了诸多因素的影响,所以很多学生在这个问题上十分纠结,为了简化这个问题,CST制作了一个精简视频,将从四个问题入手,让你判断最终选择何种方式来使你的样本染色质片段化。


第一丨你的样本是细胞还是组织?

第二丨不同类型的蛋白以不同的强度与DNA结合,最终会影响了ChIP的效率。所以采取哪种染色质片段化与你IP过程中靶蛋白的类型有关,你的靶蛋白是组蛋白,转录因子还是辅因子?

第三丨你的样品中靶蛋白的丰度如何?

第四丨在大都数情况下,当你可以任选超声处理或酶消化时,你可以选择你偏向使用的染色质片段化方法。



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